考古学家CT扫描发现塞肯内拉在驱逐希克索斯人的战争中被杀死，要知道法老塞肯内拉的死亡，是促成古埃及统一的直接原因，原来他是在战争中牺牲的。
塞肯内拉死亡原因推测自从考古学家发现了他的木乃伊以后，就对他的死因展开了各种各样的猜测，考古界没有形成统一的结论，他们对法老的死亡原因持不同的观点，因为没有更先进的技术，所以也没有进一步的研究发现。
非入侵扫描方式后来现代医学有了很大的发展，现在考古学家可以通过医学成像技术，以一种非入侵的扫描方式来研究法老的木乃伊。这种技术并不会破坏法老的木乃伊，能够在保证木乃伊完整的前提下，判断木乃伊生前的年龄，甚至还能获得健康方面的信息。
扫描的结果考古学家对木乃伊的扫描后发现，塞肯内拉法老的头部遭受了多次重创，可是身体上却没有找到任何伤口，他的致命伤应该是在头部。结合当时塞肯内拉法老的时代背景，考古学家推测极有可能是和希克索斯人战争的过程中，被他们秘密处决了。
考古学界的不同观点当然也有一些考古学家提出了不同的意见，他们认为塞肯内拉法老也可能是因为宫廷阴谋被暗杀的，因为发现他的木乃伊防腐工作完成的较为匆忙，所以推断当时宫廷发生了政变。可是根据考古学家的进一步研究，他们发现塞肯内拉法老头颅的伤痕，是由不同的希克索斯人武器造成的，这足以证明塞肯内拉法老是被处决的，而且从头部的防腐材料来看，完成木乃伊制作的地方也是非常正规的。
